Kontraströntgen görs även på djurpatienter. Med kontrastundersökning letar man bl.a. efter diskproblem, inflammationer, tumörer, skador eller strukturella fel, som kan åtgärdas med medicinering eller operation eller som man i varje fall med medicinering eller operation kan försöka underlätta keldjurets vardag. Med hjälp av kontrastmedel som intas genom munnen utreds strukturen i matstrupen, magsäcken och tarmkanalen, och deras funktion. Man letar även efter eventuella främmande föremål med hjälp av detta ingrepp.
Att ge djuret kontrastmedel som intas via munnen är oftast en kladdig uppgift, då en del av det flytande kontrastmedlet för de flesta hundars och katters del lätt flyter ur mungiporna längs med pälsen och kladdar ner. Kontraströntgen av tarmkanalen tar flera timmar i anspråk, eftersom kontrastmedlet måste transporteras till tjocktarmen under röntgen. För detta ingrepp behöver patienten inte sederas.
Med intravenös injektion av kontrastmedel utreds njurarnas, urinledarnas, urinblåsans och urinrörets struktur. Vid utredningen av problem i urinblåsan kan man ofta med hjälp av en kateter injektera kontrastmedel direkt i urinblåsan. Kontraströntgen av njurarna tar vanligtvis ett par timmar i anspråk, men innan hemfärd måste patienten vakna från sederingen.
Vid kontraströntgen av ryggmärgen injekteras kontrastmedlet direkt i ryggmärgskanalen, efter detta ingrepp kan patienten må illa och måste således vakna upp på kliniken före hemfärd.
Längden på fastan som bör genomföras innan kontrastundersökning bestäms enligt varje patients aktuella situation. I regel bör ändå tarmkanalen, i synnerhet tjocktarmen, var tom vid tidpunkten för kontraströntgen. Fastan som föregår undersökningen är vanligtvis 24 timmar lång.