Endoskopi av hund- och kattpatienter görs alltid under narkos. Därför förbereder man sig för endoskopi på samma sätt som inför nedsövning i allmänhet, med en 12 timmar lång fasta. Från fall till fall kan även övriga anvisningar ges t.ex. då det kommer till intag av vätska eller tarmtömning.
Före endoskopin görs nödvändiga grundundersökningar av patienten: blodprov och röntgenbilder tas alltid. Patienter med magsymtom reagerar vanligtvis på ändringar i kosten, och experiment med dieten bör helst göras före endoskopi. På en del patienter kan man med en ordentlig grundundersökning ställa en tillräcklig diagnos utan endoskopi. På endoskopi kommer bl.a. kroniker, de som inte reagerar på behandling eller diet och t.ex. patienter som man behöver ta provbitar av för att kunna fastställa exakt behandling. Dessutom kan man med endoskopi leta efter främmande föremål.
Endoskopi av näsan, eller näsborrshålan, görs på patienter med kroniskt eller blodigt näsflöde. Med endoskopi letar man efter främmande föremål, tumörer och slemhinneförändringar typiska för inflammationer och svampinfektioner, av vilka provbitar tas. Med lungendoskopi kan man utreda orsakerna till kronisk hosta: av slemhinnorna tas provbitar och borstprov för cytologisk och bakteriologisk undersökning. Vid magendoskopi undersöks sjukdomar i matstrupen och magsäcken, så som främmande föremål, inflammatoriska reaktioner, magsår eller tumörer. För att utreda mag-tarmkanalens verksamhet är kontraströntgen bättre lämpad (se kontraströntgen). Den typiska patienten är en hund eller katt med ihållande uppkastningar som inte har reagerat på normal symtomatisk medicinering och diet.
Endoskopi av ändtarm och tjocktarm kan göras på en patient som lider av kronisk kolik och t.ex. blod i avföringen. Förberedelser för endoskopin är tarmtömning och anvisningar för fasta.
Vid oklara smärtor i främre delen av magen eller uppenbara problem i tarmsystemet – mitten av magen är endoskopi vanligtvis inte av nytta, utan vi rekommenderar ofta laparotomi, det vill säga ett kirurgiskt ingrepp som innebär att bukhålan öppnas, för att utreda orsaken till symtomen. I detta fall kan man även se leverns, bukspottskörtelns och mjältens tillstånd, samt ta provbitar av dessa eller vid behov samtidigt utföra en korrigerande operation.