Eläinfysioterapiassa arvioidaan eläimen toimintakykyä ja liikkumista sekä niiden ylläpitämisen tai lisäämisen mahdollisuuksia. Arviointi tapahtuu omistajan haastattelun, eläimen havainnoinnin, erilaisten tutkimus- ja mittausmenetelmien avulla. Tutkimisen ja haastattelun perusteella laaditaan fysioterapeuttiset tavoitteet ja valitaan terapiamenetelmät. Prosessiin liittyy kiinteästi sekä fysioterapeuttisen tutkimisen ja tavoitteiden että fysioterapian menetelmien vaikuttavuuden arviointi.
Yleisimmät pieneläinfysioterapian asiakkaat ovat epäpuhtaasti liikkuvat koirat, koirat joiden suorituskyky on alentunut, tuki- ja liikuntaelimistön vaurioista ja kivuista kärsivät eläimet sekä eläimet, jotka leikkauksen jälkeen tarvitsevat kuntoutusta. Sairaan eläimen fysioterapiasta päättää aina eläinlääkäri.
Eläinfysioterapiassa käsitellään eläintä erilaisilla manuaalisilla tekniikoilla, käytetään fysikaalisia hoitolaitteita sekä ohjataan terapeuttisia harjoitteita. Tunnetuimpia fysioterapian menetelmiä ovat venyttelyt, pehmytkudoskäsittelyt ja nivelmobilisaatiot sekä mekaaniset menetelmät eli fysikaaliset hoidot.