Lemmikin pidossa ja hoidossa tulee joskus eteen tilanne, jossa joudutaan tekemään päätös lemmikistä luopumisesta. Päätös luopumisesta tehdään yhteistyönä lemmikin omistajan ja hoitavan eläinlääkärin kanssa. Lopullinen päätäntävalta on omistajalla, ellei kyseessä ole selvä eläinsuojelutapaus. Päätös eutanasiasta joudutaan tekemään silloin, kun lemmikki on vakavasti sairas ja toipumisesta ei ole toivoa tai jos sairauden laatu on sellainen, että se aiheuttaa lemmikille kohtuuttomia kärsimyksiä. Joskus eutanasiapäätöksen syynä on lemmikin liiallinen aggressiivisuus, joka aiheuttaa vaaratilanteita kotona ja ulkoillessa. Myös muut pitovaikeudet ovat joskus eutanasian taustalla (allergia, muuttuvat elämäntilanteet jne.). Pitovaikeustapauksissa kuitenkin ensisijaisesti toivotaan omistajan mahdollisuuksien mukaan etsivän lemmikille uuden kodin.
Eutanasia tehdään klinikalla ajanvarauksella, hätätapaukset pyritään hoitamaan tarvittaessa ylimääräisinä potilaina. Eläin viedään klinikalla rauhalliseen huoneeseen omistajan kanssa ja sille annetaan rauhoituspistos lihakseen. Rauhoitusaineen vaikutuksesta eläin nukahtaa syvään uneen n. 15-20 minuutissa. Varsinainen lopetusaine, joka pysäyttää sydämen ja lamaa hengityskeskuksen, annetaan suoraan laskimoon eläimen nukkuessa sikeästi. Hengitys pysähtyy useimmiten jo annostelun aikana, sydän pysähtyy yleensä hiukan myöhemmin (muutaman minuutin kuluessa). Sydämen pysähtyminen varmistetaan aina kuuntelemalla stetoskoopilla. Omistaja voi halutessaan lähteä toimenpiteestä eläimen nukahdettua rauhoitusaineesta tai olla paikalla loppuun asti ja viettää vielä rauhallisen hetken lemmikkinsä kanssa sen nukuttua pois.
Klinikan kautta lemmikki voidaan toimittaa tuhkattavaksi, jos omistajalla ei ole mahdollisuutta haudata lemmikkiä itse. Omistaja voi valita joko yhteistuhkauksen, jossa tuhka jää tuhkaamolle tai uurnatuhkauksen, jolloin omistaja saa lemmikin tuhkat uurnassa. Koira-Kissaklinikan käyttämä tuhkaamo sijaitsee Mynämäellä.